নিরাপদ খাদ্য আইন-২০১৩ এবং অনুমোদিত সাংগঠনিক কাঠামো অনুযায়ী ৭টি বিভাগের মাধ্যমে কর্তৃপক্ষের সার্বিক কর্মকান্ড সম্পাদিত হয়ে থাকে। প্রতিটি বিভাগ একজন উপসচিব পদমর্যাদার পরিচালক/অতিরিক্ত পরিচালক কর্তৃক পরিচালিত হয়। বিভাগগুলো হচ্ছে-
(ক) সংস্থাপন, আর্থিক ও জনসম্পদ ব্যবস্থাপনা বিভাগ
(খ) খাদ্যের বিশুদ্ধতা পরিবীক্ষণ ও বিচারিক কার্যক্রম বিভাগ
(গ) নিরাপদ খাদ্যমান প্রমিতকরণ ও প্রত্যয়ন সমন্বয় বিভাগ
(ঘ) খাদ্যভোক্তা সচেতনতা, ঝুঁকি ও নিরাপদ খাদ্য ব্যবস্থাপনা বিভাগ
(ঙ) খাদ্য পরীক্ষাগার নেটওয়ার্ক সমন্বয় কার্যক্রম বিভাগ
(চ) নিরাপদ খাদ্য গবেষণা ও উন্নয়ন কার্যক্রম বিভাগ
(ছ) পরিসংখ্যান এবং তথ্য ও যোগাযোগ প্রযুক্তি বিভাগ